Eugen Mahler wurde 1927 in Freudenstadt im Schwarzwald als ältester Sohn dreier Kinder eines Studienrats und einer Werklehrerin geboren. 1934 starb seine Mutter. Nach dem Besuch der Grundschule wechselte er ins Gymnasium. Noch als 17jähriger wurde er im Januar 1945 als Sanitätsanwärter der Luftwaffe eingezogen und im April als Sanitätssoldat an die Front nahe Frankfurt/Oder geschickt. Nach wenigen Tagen Fronteinsatz geriet er in amerikanische Gefangenschaft. Im WS 1945/46 begann er 18jährig in Tübingen und dann in Würzburg Medizin zu studieren. Auf Faschingsfesten der Universität bemalte er riesige Packpierrollen u.a. mit Motiven nach Tiepolo. 1950 machte er sein Staatsexamen und heiratete 1952 Elisabeth Berger, mit der er drei Kinder hat. Seine Facharztausbildung zum Internisten absolvierte er in der Medizinischen Klinik der Universität Würzburg unter der Leitung von Professor Ernst Wollheim. Während dieser Zeit begann er sich für die psychischen Ursachen von somatischen Erkrankungen zu interessieren. Als junger Assistenzarzt nahm er 1955 in Nürnberg an einer Sammelausstellung fränkischer Künstler teil und hatte im gleichen Jahr im Würzburger Kunstkabinett seine erste Einzelausstellung mit großformatigen tachistischen Bildern. In der Folgezeit nahm er an verschienenen Sammelausstellungen teil, im Falkenhaus Würzburg wurden in einer Einzelausstellung 1959 Landschaftsaquarelle von ihm gezeigt. Nachdem er 1959 seine Anerkennung als Facharzt für Innere Krankheiten erhalten hatte, bewarb er sich an der Psychosomatischen Klinik in Heidelberg bei Alexander Mitscherlich um eine Stelle, um dort auch seine psychoanalytische Ausbildung in Angriff zu nehmen. Er veröffentlichte in dieser Zeit einige wichtige wissenschaftliche Arbeiten zur Psychosomatik. 1963 bis 1965 war er Oberarzt an der Psychosomatischen Klinik in Gießen bei Host-Eberhard Richter und Leiter der dortigen Ambulanz. Von 1965 bis 1967 war er Oberassistent am Sigmund-Freud-Institut in Frankfurt am Main. Danach baute er im Auftrag des Studentenwerkes und der Universität in Frankfurt die Psychotherapeutische Beratungsstelle für Studierende auf und leitete diese bis 1972. Seit 1968 arbeitete er gleichzeitig als Psychoanalytiker und Lehranalytiker in eigener Praxis. In dieser Zeit entstand neben zahlreichen wissenschaftlichen Aufsätzen sein Buch Psychische Konflikte und Hochschulstruktur (Fischer-Verlag/Frankfurt 1971). Von 1964 bis 1971 stellte er auf zahlreichen Einzel- oder Sammelausstellungen mit internationalen Künstlern wie Christo, Beuys, Ücker, Mack, Arman u.a. (z.B. auf der Wanderausstellung Kinetik und Objekte) Faltcollagen und Montagen aus. 1972 erhielt er einen Ruf an die Universität Kassel auf einen Lehrstuhl für Psychoanalyse und Gruppendynamik. 1975 heiratete er Annegret Bungers, mit der er drei Kinder hat. Ihr gemeinsamer Wohnsitz ist seither die Heckenmühle in Morschen. Zusammen mit ihr und anderen Kollegen gründete er 1978 das Alexander-Mitscherlich-Institut in Kassel, Ausbildungsinstitut der Deutschen Psychoanalytischen Vereinigung. Zahlreiche Arbeiten zur Gruppen- und Gesellschaftsanalyse entstanden im Zusammenhang mit seiner Lehrtätigkeit. Seit 1980 zeigte Eugen Mahler in seinen Ausstellungen Collagen und Montagen unter dem Titel Tagesreste. 1992 wurde er emeritiert. In der von Ludger Hermanns herausgegebenen Reihe Psychoanalytiker in Selbstdarstellungen erschien im Frühjahr 2007 seine Autobiographie.